Ähnliches ist mir auch aufgefallen, und ich glaube ich habe den Grund verstanden (bitte korrigieren falls falsch, ich habe keine direkte Ahnung wie das Fediverse auf einer technischen Ebene funktioniert):

Das Problem liegt nicht zwischen Browser und App, sondern zwischen Angemeldet und Nicht Angemeldet sein bzw. durch welchen Server der Inhalt abgerufen wird.

Innerhalb eines einzigen Servers sind die Dinge einfach - Kommentare usw. sind alle bereits dem Server bekannt weil auf ihm gespeichert. Wenn man aber von (/angemeldet bei) Server A eine Gemeinde von Server B aufrufen will, dann müssen die Posts und Kommentare erst von B nach A "gepusht" werden, wo sie dann eine Kopie von sich selbst errichten (daher haben sie dann eine URL unter Server A/post/123...).

Dieses Pushen scheint mit den Posts selber gleich beim Abfragen der Gemeinde zu passieren, sodass man die Posts alle gleich sieht.

Kommentare unter den Posts sind da etwas komplizierter: Sie werden von B nach A gepusht, wenn der Kommentar auf B veröffentlicht wird und A die Gemeinde in B in der kommentiert wird, abonniert hat (d.h., mindestens ein Benutzer von A hat die Gemeinde in B abboniert). Alle neuen Kommentare werden so nach A kopiert und dort angezeigt.

Was passiert mit den alten Kommentaren? Sie wurden zu einem Zeitpunkt verfasst, zu dem A noch nicht die Gemeinde von B abboniert hatte, also fand auch kein Pushen von B nach A statt. Also werden sie nie nach A kopiert, und Benutzer von A sehen sie nicht. Server B weiß natürlich um die Kommentare da sie direkt auf ihm leben, also werde alle Kommentare normal angezeigt.

Die Kommentare, die auf deinem Server nicht auftauchen, sind daher (falls die These stimmt) meist Kommentare, die veröffentlicht wurden bevor irgendein Nutzer deines Servers die Gemeinde des anderen Servers zum ersten Mal abonniert hat.