Acho que seria legal esclarecer, pela licença de cada um, se é realmente software livre (questão de liberdade, não de preço). Obsidian pelo menos, lamentavelmente não é. Logseq, sim: AGPLv3. E Zettlr, vejo agora, GPLv3.
Não tenho certeza de qual licença se aplica a AFFiNE, pois seu site oficial traz termos que parecem ser privativos de liberdade: https://affine.pro/terms
Isso aí seria os termos de uso da plataforma deles. Mas a ferramenta está sob a licença MIT, enquanto isso, o servidor... nem tanto.
Citei Obsidian como uma alternativa, que é mesmo. Só que não é open source. Vou atualizar o post.
É preciso necessariamente usar o servidor deles ou pode ser independente?
Nope, vc pode instalar e usar apenas a versão para o desktop sem precisar do servidor.
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